Né en 1962 à Lausanne en Suisse, Vincent Pérez étudie l'art dramatique à Genève, puis au Conservatoire de Paris et à l'Ecole des Amandiers à Nanterre. Il joue ensuite au théâtre. Il est encore étudiant lorsqu'il débute au cinéma dans Gardien de nuit. Il est ensuite le partenaire de Jacqueline Bisset dans La Maison de Jade.
C'est en 1990 qu'il s'impose comme l'un des meilleurs acteurs de sa génération au niveau international en jouant aux côtés de Gérard Depardieu dans Cyrano de Bergerac. Il est cité au César du meilleur espoir. En 1993, il est le partenaire de Catherine Deneuve dans Indochine, lauréat de l'Oscar du meilleur film étranger. Il obtient la même année le Prix Jean Gabin. Il sera aussi la vedette du Voyage du Capitaine Fracasse, de Fanfan et de La Reine Margot, avec Isabelle Adjani.
Il joue par la suite dans une trentaine de films-européens ou américains. Il est l'interprète de Par-delà les nuages de Michelangelo Antonioni, puis de Ligne de vie. En 1996, il tourne son premier film américain avec The Crow : la cité des anges.
Il est cité au César 1998 du meilleur second rôle pour son interprétation dans Le Bossu et l'année suivante pour Ceux qui m'aiment prendront le train. On le retrouve ensuite dans Talk of Angels dans lequel il a déjà pour partenaire Penelope Cruz. Parmi ses autres films américains citons Au coeur de la tourmente et le téléfilm HBO Shot Through The Heart, l'histoire vraie de deux amis obligés de se battre à mort lorsque éclate la guerre à Sarajevo, et La Reine des Damnés. Il est aussi apparu dans les Morsures de l'aube et Le pharmacien de garde.
En 1992, il fait ses débuts de réalisateur avec le court-métrage L'Echange, nommé au Prix du meilleur court métrage à Cannes. Il est retourné derrière la caméra en 1999 pour réaliser Rien dire, qui a également été cité à Cannes. Il a réalisé en 2002 son premier long métrage, Peau d'Ange, dont il était également co-sccénariste avec Karine Silla et dans lequel il dirigeait Guillaume Depardieu, Morgane Moré et Dominique Blanc.
Il est en 2005 à l'affiche de Nouvelle France de Jean Beaudin où il incarne L'Intendant François Bigot, un homme froid, extravagant, immoral et sans scrupules.
En 2007, après avoir tenu l'un des rôles principaux de la série Paris enquêtes criminelles (adaptation de New York section criminelle avec Vincent d'Onofrio) il transforme son essai de réalisateur avec son second long-métrage, Si j'étais toi, avec David Duchovny.
En 2009 il est à l'affiche de Demain dès l'aube, réalisé par Denis Dercourt, aux côtés de Jérémie Rénier. Le film fait partie de la sélection Un certain regard du Festival de Cannes 2009.
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