Son film de fin d'études, primé au Festival de l'École de Cinéma de Munich, a été demi-finaliste pour l'Oscar du meilleur film d'étudiants.
Son 1er long-métrage, Freud quitte la maison (1990), réalisé en coproduction avec la Suède, a reçu de nombreux prix internationaux, ainsi que Family matters (1993), coproduit avec le Portugal. Son film suédois suivant : Like it never was before (1995) a remporté le Prix de la Critique du Festival de Montréal.
Susanne Bier a signé, depuis, 3 succès majeurs avec The one and only (1999), qui attira près de 1 million de spectateurs sur le seul territoire danois; le film Dogme Open hearts (2002), présenté aux festivals de Saint-Sébastien, Sundance et Toronto, où il reçut une mention spéciale; le drame Brothers (2004), qui totalisa 11 nominations aux European Film Awards et remporta le Prix du public à Sundance. Ce film a également rapporté à Connie Nielsen et son partenaire Ulrich Thomsen les prix d'interprétation du festival de Saint-Sébastien.
Le film After the wedding (2006) a également connu un large succès critique au Danemark. Présenté dans les festivals de Toronto et Rome, il a été sélectionné pour l'Oscar du meilleur film étranger. En 2007, elle réalise Nos souvenirs brûlés avec Halle Berry, Benicio Del Toro et David Duchovny. L'année suivante, elle fait partie du Jury de la Cinéfondation et des courts-métrages dans le cadre du festival de Cannes.
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