Entre 1992 et 1994, il signe 2 courts métrages, Mocoso malcriado et Negocios, dont la tonalité est proche du documentaire. Interprété par des comédiens non professionnels et par plusieurs membres de la famille du réalisateur, Negocios est une ébauche de Mundo Grua.
En 1996, Pablo Trapero crée, avec d'autres jeunes cinéastes argentins, la société de production Cinematografica Sargentina qui lui permet de financer son premier long métrage, Mundo Grua en 1999. Tourné en noir et blanc, le film retrace le parcours d'un ouvrier du bâtiment de Buenos Aires qui perd son emploi. 2 ans plus tard, Pablo Trapero signe Naikor, moyen métrage tourné en vidéo. Portrait d'un personnage mythique de Buenos Aires, le film est notamment présenté aux festivals de Rotterdam et de Locarno. La même année le cinéaste corpoduit La libertad de Lisandro Alonso, sélectionné aux festival de Cannes.
En 2002, Pablo Trapero réalise El Bonaerense, en sélection officielle à Cannes dans la catégorie Un certain regard. Etonnant polar social, le film est extrêmement bien accueilli par la critique. La même année, le réalisateur fonde Matanza Cine, sa nouvelle maison de production grâce à laquelle il produit des films indépendants et s'engage dans des corpoductions avec d'autres pays d'Amérique latine.
En 2003, Pablo Trapero réalise et produit Sarasa, documentaire tourné pour la télévision. Il produit également La mecha de Raul Perrone, sélectionné dans de nombreux festivals comme San Sebastian et Toulouse, et Decir tu nombre d'Albertina Carri. Son film Voyage en famille sort dans nos salles en 2004.
En 2008, son film Leonera est sélectionné en compétition officielle du Festival de Cannes.
