Né à Baltimore, dans le Maryland, John Waters est attiré par le cinéma dès son plus jeune âge :il s'abonne à Variety à 12 ans et absorbe aussi bien les informations que le jargon technique.
Adolescent, il commence à faire ses premiers films underground en 8 mm, influencé par Jean-Luc Godard, Walt Disney, Andy Warhol, Russ Meyer, Ingmar Bergman et Herschell Gordon Lewis. En 1964, John Waters réalise son premier film, un court-métrage en 8 mm intitulé Hag in a black leather jacket (l'étalon à la veste en cuir), qui a pour interprète Mary Vivian Pearce. En 1966, il tourne Roman Candles, le premier de ses films avec Divine et Mink Stole. En 1967, il réalise son premier film en 16 mm, Eat your makeup. C'est en 1969 qu'il signe son premier long métrage, Mondo Trasho. Durant le tournage, le réalisateur et deux acteurs sont arrêtés pour le délit d'exposition indécente. En 1970, il réalise ce qu'il appelle sa première atrocité sur celluloid, Multiple maniacs. Le film raconte l'histoire de Lady Divine et son amant, Mr David, propriétaires d'un spectacle de foire invitant les gens à venir voir La cavalcade des perversions. Tout un programme...
En 1972, il signe le film qui va le faire connaître véritablement : Pink flamingos avec Divine, Mink Stole et David Lochary. Le film dézingue toutes les communautés bien-pensantes des USA et fait de John Waters un réalisateur culte. Divine devient aussi un acteur (actrice ?) que l'on n'oublie pas. En 1981, il réalise Polyester, un mélodrame comique en format large tourné en Odorama : les spectateurs reçoivent avec leur ticket d'entrée une carte à gratter qui leur permet de suivre le parcours olfactif des personnages en quête de bonheur.
Avec Hairspray, John Waters réalise une comédie musicale déjantée et outrancièrement satirique sur les moeurs de l'Amérique des années 60. Les gentils y sont les obèses et les noirs, et les méchants les vils riches blancs racistes. Le film est un succès critique et public et permet à Waters de trouver l'appui des studios hollywoodiens majeurs pour Cry Baby, comédie musicale satirique sur les délinquants juvéniles, interprétée par Johnny Depp. En 1994, il sort Serial Mother, comédie meurtrière avec Kathleen Turner et Sam Waterston, qui crée l'événement lors de la soirée de clôture du Festival de Cannes. De plus en plus sollicité par les grands studios mais autant indépendant dans sa manière de travailler, Waters signe Pecker, film sur les strip-teaseuses lesbiennes et la photo amateur, avec Edward Furlong et Christina Ricci.
Pour fêter les années 2000, John Waters signe une comédie autour du star system : Cecil B. Demented, l'histoire d'un jeune réalisateur fou (Stephen Dorff) qui kidnappe avec son équipe une star d'Hollywood (Melanie Griffith, qui signe son retour)... l'obligeant à tourner dans leur film underground. Son côté iconoclaste fait que le film est très bien perçu et salué.
De février à mai 2004, le New York Museum of Contemporary Art de New York a organisé le "John Waters : Change of life", une exposition reprise au Fotomuseum Winterthur en Suisse et qui sera aussi présentée à l'Andy Warhol Museum de Pittsburgh et dans plusieurs autres musées de différents pays.
A dirty shame sort sur nos écrans le 8 juin 2005. Le film raconte l'histoire d'une petite ville américaine dont la population se met peu à peu à devenir... accro au sexe.
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