Né en 1950 à Fort Worth au Texas, Joe Johnston se prédestine à une carrière d'océanographe. Après avoir suivi des cours d'art plastique au Pasadena City College, il préfère étudier le design industriel, le graphisme et l'illustration à la California State University de Long Beach, puis le cinéma à l'USC. Il débute au cinéma comme créateur d'effets spéciaux au sein du célèbre studio de George Lucas, Industrial Light & Magic. Johnston y est maquettiste puis illustrateur sur La guerre des étoiles. L'immense succès du film le conduit à travailler à différents postes sur les effets de nombreux longs métrages, dont L'empire contre-attaque d'Irvin Kershner et Le retour du Jedi de Richard Marquand, sur lesquels il est directeur artistique des effets visuels. On lui doit le design original de Yoda et la conception de certains des véhicules et armes de ces films.
Joe Johnston entame sa collaboration avec Steven Spielberg en 1981 sur Les aventures de l'Arche Perdue, qui a obtient l'Oscar des effets visuels. Il est également directeur artistique des effets visuels de Indiana Jones et le temple maudit. Il a fait ses débuts à la caméra comme réalisateur de la deuxième équipe sur Miracle sur la 8ème rue de Matthew Robbins. Il supervise ensuite les séquences aériennes du film Always (1989), sur lequel il retrouve Spielberg. Par la suite il se tourne vers la production et la réalisation, notamment sur le film d'aventures fantastiques réalisé par Ron Howard : Willow.
En 1989, Johnston se tourne vers la réalisation avec Chérie, j'ai rétréci les gosses (1989) qui remporte un énorme succès. Il réalisé Rocketeer deux ans plus tard. Jumanji le prédestine une fois de plus au succès. Son film Ciel d'Octobre (1999) remporte le Broadcast Film Critics Award du meilleur film familial, ainsi qu'un Humanitas Prize et une citation au Writers Guild Award pour son scénario. Steven Spielberg lui confie alors la réalisation de Jurassic Park III. En mars 2004, Johnston abandonne ses jouets pour aller aux commandes de Hidalgo où il dirige entre autres Omar Sharif et Viggo Mortensen dans un western familial.
En 2010, il signe le film Wolfman, sur la légende du loup-garou et interprété par Benicio Del Toro, Anthony Hopkins et Emily Blunt.
42% 
