Jean Becker est né le 10 mai 1933 à Paris.
Il fait ses premiers pas dans le cinéma en assistant son père, le réalisateur Jacques Becker sur ses films Touchez pas au grisbi (1953) avec Jean Gabin, Montparnasse 19 (1958) et Le Trou (1959). Il assiste également les cinéastes Julien Duvivier et Henri Verneuil.
En tant qu'acteur, il joue dans Le Trou (1960) réalisé par son père, qui meurt juste après avoir fini son film. Jean Becker se lance alors dans la réalisation. Dans les années 60, il signe des films policiers avec Jean-Paul Belmondo : Un nommé La Rocca (1961), Echappement libre (1964) et Tendre voyou (1966), qui deviennent de gros succès commerciaux.En 1965, il réalise également les épisodes de la série télévisée Les Saintes Chéries puis signe la comédie farfelue Pas de caviar pour tante Olga.
Après une longue pause de 20 ans, il revient en 1983 avec L'été meurtrier, où il met en scène Isabelle Adjani et Alain Souchon. Le film est un énorme succès et remet le cinéaste au premier plan puisqu'il est nommé aux Césars et le film est présenté au Festival de Cannes. En 1994, il signe Elisa avec Vanessa Paradis et Gérard Depardieu et qui décroche lui aussi un joli succès critique et public.
Depuis, le cinéaste tourne souventavec les mêmes acteurs, ses amis Jacques Villeret, André Dussollier, Suzanne Flon qu'il dirige notamment en 1998 dans le nostalgique Les Enfants du marais (avec Michel Serrault) puis dans Un crime au paradis en 2000 (avec également Josiane Balasko). Il signe ensuite les comédies dramatiques Effroyables jardins avec Thierry Lhermitte et Benoît Magimel (2002), Dialogue avec mon jardinier avec Jean-Pierre Daroussin (2007). En 2008, il tourne Deux jours à tuer (2008), dans lequel il travaille pour la première fois avec l'acteur Albert Dupontel.
