Au théâtre, Jacques Bonnaffé a travaillé comme acteur sous la direction de Gildas Bourdet, Hans Peter Cloos, Saskia Cohen Tanugi , Claude Stratz, Gilles Chavassieux, John Berry, Christian Rist, Patrice Kerbrat , Christian Schiaretti, André Engel, Abbès Zahmani, Alain Françon; Didier Bezace, Jean-François
Peyret, Marc Feld, Jean-Pierre Vincent...
Il a mis en scène Paris-Nord, attractions pour noces et banquets, Passages d'Arthur Rimbaud, Tour de Piste de Christian Giudicelli, Cafougnette et l'défilé d'après les histoires de Jules Mousseron en patois picard, Comme des malades d'après des textes d'Hervé Prudon au CDN de Caen et au Théâtre de la Bastille,
54x13 adapté d'un roman de Jean-Bernard Pouy qu'il a interprèté en compagnie du trompettiste Eric Le Lann, Jacques two Jacques de et avec Jacques Darras, les Banquets du Faisan avec Lille 2004 et le Festival d'Automne à Paris.
Il consacre une part importante à la poèsie et aux lectures publiques.
Avec des auteurs contemporains tels que Ludovic Janvier, Yves Charnet, et Jacques Darras la régularité des rendez-vous et la complicité scénique ont pris forme de performances.
1979/80 - Britannicus de Racine, mise en scène de Gildas Bourdet
1982 - les Bas-Fonds de Gorky, mise en scène de Gildas Bourdet
1983 - Casimir Et Caroline de Orvath, mise en scène de Hans Peter Cloos, le Marchand
de Venise de Shakespeare, mise en scène de Saskia Cohen-Tanugi
1985 - le Legs et l'Épreuve de Marivaux, mise en scène de Claude Stratz
1987 - Ni Chair Ni Poisson de Kroetz, mise en scène de Gilles Chavassieux, Hello and Goodbye de Athol Fugard, mise en scène de John Berry
1988/89 - Paris Nord, Attractions pour Noces et Banquets de Jacques Bonnaffé
1990 - la Veuve de Corneille, mise en scène de Christian Rist, la Fonction de Jean-Marie Besset, mise en scène de Patrice Kerbrat
1991 - Passages d'Arthur Rimbaud et Lettres d'Abyssinie d'Arthur Rimbaud, mises en
scène de Jacques Bonnaffé, Ajax de Sophocle, mise en scène de Christian Schiaretti
1994 - les Légendes de la Forêt Viennoise de Orvath, mise en scène de André Engel, Cafougnette et l'Défilé d'après Jules Mousseron, mise en scène de Jacques Bonnaffé
1995 - Inaccessibles Amours de Paul Emond, mise en scène d'Abbès Zahmani
1996/97 - les Affaires du Baron Laborde de H. Broch, mise en scène de Simone Amouyal
1997 - Tour de Piste de Christian Giudicelli, mise en scène Jacques Bonnaffé, Dans la Compagnie des Hommes, mise en scène Alain Françon
1998 - Comme des Malades, sessions de travail dirigé par Jacques Bonnaffé et Hervé Prudon, l'auteur
1999 - King de Michel Vinaver, mise en scène Alain Françon au Théâtre de la Colline,
le Colonel Oiseau de Hristo Boytchev, mise en scène Didier Bezace au Festival d'Avignon
2000 - Histoire Naturelle De L'esprit (suite et fin), conception et mise en scène de Jean-François Peyret à la Maison de la Culture de Bobigny
2001 - 54x13 de Jean-Bernard Pouy, mise en scène Jacques Bonnaffé au TNB de Rennes, au Théâtre de la Bastille
2002 - le Traitement de Martin Crimp, mise en scène Nathalie Richard au T.N de Chaillot
2003 - le Petit Eyolf d'Henrik Ibsen mise en scène Alain Françon au Théâtre de la Colline
2004 - Les Banquets du Faisan (Lille 2004), Jacques two Jacques textes de Jacques Darras, mise en scène Jacques Bonnaffé au Théatre de la Bastille
2005 - la Répétition Des Erreurs d'après La Comédie des Erreurs de William Shakespeare mise en scène de Marc Feld ; à Orléans puis au Théâtre National de Chaillot.
2006 - les Antilopes de Heinig Mankell mise en scène de Jean Pierre Vincent au Théâtre
du Rond Point à Paris.
Au cinéma, il a travaillé avec Edouard Niermans (Anthracite), Jean-Luc Godard (Prénom Carmen), Philippe Venault (Paris vu par, Vingt ans après, La case du blanc), Renaud Victor
(Le meilleur de la vie), Jacques Renard (Blanche et Marie), Jean-Charles Tacchela (Escalier C), Philippe Garrel (Elle a passé tant d'heures sous les sunlights), Jacques Doillon (La tentation d'Isabelle), Frédéric Compain (Résidence surveillée), Sébastien Grall (La femme secrète), Paolo Rocha (Les montagnes de la lune), Jacques Davila (La campagne de Cicéron), René Feret (Baptême, Les frères Gravet), Krystoph Rogulski (Les enfants du vent), Jacques Fansten (La fracture du Myocarde, Roulez jeunesse), Richard Dindo (Arthur Rimbaud, une biographie), Ab Van Leperen (Identikit), Edwin Baily (Faut-il aimer Mathilde), John Lvof (Couples et amants), Olivier Ducastel et Jacques Martineau (Jeanne et le garçon formidable), Tonie Marshall (Vénus Institut), Marcel Bluwal (Le plus beau pays du Monde), Costa Natsis (Innocent) et Jacques Rivette dans Va Savoir présenté au Festival de Cannes 2001. En 2004, Coquillages et crustacés (Ducastel et Martineau), Lemming (Dominik Moll), Le fil à la Patte (Michel Deville), Itinéraires (Christophe Otzenberger).
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