Né au Bénin, Djimon Hounsou arrive à Paris à l’âge de 13 ans et devient quelques années plus tard mannequin pour le styliste Thierry Mugler et modèle pour le photographe Herb Ritts. Remarqué par David Fincher, le réalisateur le fait tourner dans plusieurs clips vidéo pour des artistes comme Madonna ou Paula Abdul.
En 1990, il part poursuivre sa carrière d’acteur à Los Angeles. Après quelques petits rôles à la télévision et au cinéma, notamment dans Without you I'm nothing de John Boskovich et Obsession fatale de Jonathan Kaplan, il joue Horus en 1997 dans le film Stargate de Roland Emmerich.
Sa carrière débute vraiment la même année avec Amistad de Steven Spielberg où il joue Cinque, un chef d’esclaves à la tête d’une révolte pour la liberté, rôle pour lequel il sera récompensé par un Golden Satellite Award, un Image Award et une nomination au Golden Globe. Il joue ensuite dans Ill gotten gains de Joel B. Marsden en 1997 et Un cri dans l'Océan de Stephen Sommers en 1998. On le retrouve l’année suivante dans le rôle mémorable d’un réfugié africain dans 6 épisodes de la série Urgences.
Djimon Hounsou est par la suite Juba dans le film de Ridley Scott Gladiator en 2000, avec Russell Crowe, puis joue dans The tag de Peter Winther en 2001, Le boulet d’Alain Berberian et Frères du désert de Shekhar Kapur, tous deux en 2002.
Son interprétation de Mateo dans In America de Jim Sheridan en 2002 lui vaut d’être nommé à l’Oscar et de recevoir l’Independent Spirit Award du meilleur second rôle. Il a ensuite tenu des rôles principaux dans Heroes de Johnathon Schaech en 2001, Biker boyz de Reggie Rock Bythewood et Lara Croft Tomb Raider : le berceau de la vie de Jan De Bont en 2003, et Blueberry, l'expérience secrète de Jan Kounen en 2004, avec Vincent Cassel.
En 2003 et 2004 il apparaît aussi dans le rôle récurrent de Kazari Bomani dans la série Alias avec Jennifer Garner. Très courtisé par le cinéma américain, il joue en 2005 un sorcier vaudou dans le film fantastique Constantine de Francis Lawrence, dans Beauty shop de Bille Woodruff, puis dans The Island deMichael Bay.
L'année suivante, il tourne sous la direction d’Edward Zwick dans Blood diamond, puis joue dans Eragon de Stefen Fangmeier. En automne 2007, Djimon Hounsou a posé pour la campagne de publicité Calvin Klein Steel, la dernière ligne de sous-vêtements Calvin Klein, devenant ainsi le 1er modèle afro-américain de la célèbre marque après 25 ans d’existence. En 2008, il est à l'affiche de Never back down (Ne jamais reculer), un film où les sports de combat sont à l'honneur. On le retrouve l'année suivante dans Push.
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