Agnès Merlet fréquente les Beaux-Arts d'Orléans avant d'entrer à l'IDHEC (désormais FEMIS) véritable sésame pour intégrer dans le sérail du cinéma français. Après quelques travaux d'assistanat, elle réalise deux courts-métrages dont le second (Poussière d'Etoiles) est particulièrement remarqué puisqu'il obtient le prix Jean Vigo en 1986.
Très active dans le milieu du clip, elle se lance, au début des années 90, dans l'aventure du long-métrage. Le résutat, en 1994, est Le Fils du requin, errance crue et lyrique de deux délinquants du Nord de la France. Le film connaît un beau succès d'estime, reçoit les honneurs de la critique et permet à Agnès Merlet d'envisager l'accomplissement de son rêve de cinéaste.
Elle est en effet fascinée depuis le début de ses études par un tableau de la peintre Artemisia ("Judith décapitant Holopherne") et veut mettre en scène sa vie. Artemisia sort en 1997, mais ne rencontre qu'un succès mitigé. Plusieurs de ses projets échouent alors faute de financement (notamment un "slasher" situé dans le milieu des Beaux-Arts) et c'est en se tournant vers l'étranger (l'Europe plus précisément) qu'elle parvient à monter Dorothy, film fantastique inspiré des classiques d'ambiance comme Les Innoncents de Jack Clayton.
Le film sort en 2008 et obtient un beau succès d'estime.
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